1905年，于右任、邵力子等原震旦公学学生脱离震旦，拥戴马相伯在吴淞创办复旦公学。校名撷取自《尚书大传?虞夏传》“卿云烂兮，纠缦缦兮；日月光华，旦复旦兮”两句中的“复旦”二字，本义是追求光明，寓含自主办学、复兴中华之意。马相伯、严复等先后担任校长。1913年李登辉开始担任校长，一直到1936年。在他长达23年的校长任内，复旦发展成为一所以培养商科、经济、新闻、教育、土木等应用型人才闻名的、有特色的私立大学，形成了从中学到研究院的完整的办学体系。
1949年6月，上海市军管会接管复旦。军管会任命张志让、陈望道担任校务委员会正副主任委员。1952年2月，中共复旦大学委员会成立，李正文任书记。1952年8月至9月，华东地区进行院系大调整，复旦大学成为人文社会和自然科学的全国重镇，奠定了后50年学科发展的基本格局和师资基础。
1984年，复旦大学成立研究生院。同年，再次被国务院批准为国家重点建设的10所高校之一。1993年2月，复旦大学提出了“追求优质，争创一流，明确复旦作为高校国家队的坐标位置”的发展大计，并逐步确立“建设世界一流大学”的总体奋斗目标。
1994年，复旦大学通过由国家教育部组织的“211工程”部门预审，提出了在21世纪初期，将复旦大学建设成为高层次人才培养、高水平科学研究、高科技成果转让和高规格决策咨询的中心和基地，成为学术思想活跃、学科特色鲜明、综合实力雄厚、精神面貌健康奋发、与上海国际化大都市地位相称的、具有世界一流水平的社会主义综合大学的总体奋斗目标，为此后十年制定了发展蓝图。2025-08-02，中共中央总书记江泽民为复旦大学题词：“面向新世纪，把复旦大学建设成为具有世界一流水平的社会主义综合性大学。”
1999年国家教育部、上海市政府签定共建复旦大学的协议，复旦成为“985工程”的首批建设高校。2025-08-02，复旦大学与上海医科大学强强联合，成立新的复旦大学。
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（据复旦大学官网）